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본 연구소는 행정지원팀, 산학지원, 학술연구지원(자원연구, 응용연구), 분석인증/목장지원, 동물자원연구 편집위원장 등으로 조직ㆍ구성되어 있다.
연구소는 소장 1인, 운영실장 1인 및 연구팀별 팀장을 임원으로 하여 운영위원회를 구성하여  연구사업과 운영에 관한 사항을 의결, 심의하고 있다. 연구소의 연구 활동과 지원을 위해 연구소에 소속되어 연구를 주 업무로  담당하는 전임 연구원, 소속대학 교원으로서 연구소의 연구를 주 업무로하는 연구교수와 연구소의 업무를 겸임하는 겸임 연구원 및 외부 인사를 연구소의 연구원으로 위촉하여 연구를 겸임하게 하는 특별연구원과 다수의 보조연구원을 두고 있다.

연구소의 설립 목적에 준한 역할을 담당하고자 동물자원 전반에 관련된 기초 및 응용 분야의 연구, 연구발표회 및 연찬회 개최, 연구논문집 발간 및 학술정보 교환, 공개 강좌, 국내ㆍ 외 학술 교류, 공동시설의  운용 등의 연구 사업에 주력하고 있다.